Οι πρώτες ομάδες των ομίλων θα κληρωθούν με τις δεύτερες στην φάση των 16 του κυπέλλου Ελλάδας.
O AOT θα είναι γηπεδούχος στο πρώτο ματς και θα παίξει εκτός στον επαναληπτικό. Η κλήρωση θα γίνει την Τρίτη 20 Δεκεμβρίου στις 11 το πρωϊ στα γραφεία της ΕΠΟ. Βάσει προγράμματος, οι πρώτοι αγώνες της 3ης φάσης θα διεξαχθούν στις 10-11-12/1/2017 και οι ρεβάνς στις 24-25-26/1/2017. Ο Α.Ο. Τρίκαλα θα κληρωθεί με έναν αντίπαλο από τους (Δεν μπορεί να κληρωθεί με τον ΠΑΟΚ που ήταν στον ίδιο όμιλο):
Ολυμπιακό
ΟΦΗ
ΠΑΣ Γιάννινα
Κισσαμικό
Αστέρα Τρίπολης
ΑΕΚ
Ατρόμητο